1、医用外科口罩应用于有体液、血液飞溅的环境里，这类型的口罩可以有效隔绝血液和体液，防止血液、体液穿过口罩感染佩戴者，但是对颗粒的过滤则有所不足。医用防护口罩应用于有呼吸道传染病环境里，可过滤空气中的微粒，阻隔飞沫、血液、体液、分泌物等污染物，对非油性颗粒的过滤效率可达到95%以上。
2、医用防护口罩必须同时具有外科口罩的主要功能，包括细菌过滤效率和阻隔具有压力的液体喷溅物的功能，同时还具有呼吸防护功能，即保护佩戴者的呼吸安全。而且医用防护口罩的颗粒过滤效率性能要高于医用外科口罩。
3、医用外科口罩因为具有良好的防水性能以及颗粒过滤效率，适用于手术、激光治疗、隔离及牙科或其他医疗操作时的佩戴，以及空气或飞沫传播疾病或者佩戴；主要满足医院手术操作人员使用。
4、医用防护口罩因为具有良好的颗粒过滤效率，能有效过滤病毒，所以适用于医务人员接触空气传播和飞沫传播疾病患者时的职业防护或者接触具有传染性的微生物时使用。